甲午战后，积极支持并参与维新活动。在京任职期间结识了康有为、梁启超等，并把梁介绍给当时陕西积极宣传西方民主与科学思想的刘古愚。他还为黄遵宪、汪康年等创办的《时务报》募收捐款，积极协助报馆推销报纸，为宣传维新变法做出了贡献。戊戌变法期间，他始终与康、梁和严复等维新派保持联系；经常往来于光绪帝与维新志士之间，使维新派的新政建议迅速上达，将光绪帝的意图转告维新派，还将中枢的机密情报透露给在天津主办《国闻报》的严复，使支持和同情变法的官僚士大夫们了解中枢动向。他积极条陈新政事宜，曾向光绪帝上奏，请求废除三跪九拜等繁缛礼仪，裁汰各官僚机构中的冗官冗员，撤除或合并翰林院、詹事府等闲散衙门，精简中枢重叠的办事机梗唤ㄒ榍逋⑴稍钡轿鞣?国家购买西服，以取代长袍马褂。光绪帝肯定了他的建议，并准备秘密派使臣到西方国家购买西服。但此举受到慈禧与守旧官僚的攻击，咒骂李是“汉奸”，企图“用夷变夏”。　　二十四年（1898）正月与宋伯鲁等创立关学会于京师；八月，戊戌变法失败，以慈禧为首的顽固守旧势力幽禁光绪帝，并下令大肆搜捕维新人士。李闻知消息，急忙通知宋伯鲁和其他维新派人士从京师逃走，他自己也躲入意大利驻华公使馆避难。由于外国公使干预，李才免遭杀身之祸，但受到严厉处分，清廷降旨对他“革职永不叙用，并拿问”。同年回到陕西，暗地里仍与一些讲求新学的进步知识分子来往，坚持同顽固腐朽势力进行斗争。三十一年（1905）秋去上海，应好友张元济之邀，到商务印书馆任编辑，一度还在中国公学兼授国文课程。在此期间，与康有为、梁启超等人仍有书信来往，还与梁启超合著《中国六大政治家》一书。他的著作《春冰室野乘》《郢云词集》和《国史读本》等也于此时出版。　　辛亥革命后，受北京政府邀请，赴京担任清史馆编修，撰写了不少列传、记事。1915年后，还给《甲寅》杂志等报刊撰写评论文章。1922年回到西安，名义上是陕西省长公署秘书长及督办公署秘书，实际上没有做过什么事情。后应邀主编咸阳县志，但始终未能动笔。由于政治上失意，晚年思想消沉，后又染上鸦片烟瘾，1927年去世。