王鹏运初嗜金石，20岁后始专一于词，成就突出，在词坛声望很高，与郑文焯、朱孝臧、况周颐合称为“晚清四大家”。由于他大力倡导词学，且能奖掖后辈，著名词人文廷式、朱孝臧、况周颐等均曾受其教益。他力尊词体，尚体格，提倡“重、拙、大”以及“自然从追琢中来”等，使常州词派的理论得以发扬光大，并直接影响当世词苑。况周颐的《蕙风词话》许多重要观点，即根源于王氏。晚清词学的兴盛，王氏起了重要作用。
其早年词与王沂孙为近，多写身世之感，如〔百字令〕《自题画像》等。甲午至辛丑间（1898～1901）身为谏官，并与文廷式等唱和，颇有伤时感事之作，词风近辛弃疾。如〔祝英台近〕《次韵道希感春》、〔谒金门〕”霜信骤“、〔满江红〕《送安晓峰侍御谪戍军台》等，苍凉悲壮，饶有壮夫扼腕之概。他同朱孝臧、刘伯崇合作的《庚子秋词》，也不乏对国势衰微的深沉悲愤。但是,他的作品，更多的还是反映了对清廷江河日下趋势的无可奈何的哀叹。有的词用典过多，不免流于晦涩。
王鹏运用了30年的时间，校勘《花间集》以及宋元诸家词为《四印斋所刻词》和《四印斋汇刻宋元三十一家词》，又校刻《吴梦窗词》。他用汉学家治经治史的方法以治词，校勘精审，向为学者所称道。
著有《袖墨集》、《虫秋集》、《味梨集》、《鹜翁集》、《蜩知集》、《校梦龛集》、《庚子秋词》、《春蛰吟》、《南潜集》，统名《半塘词稿》。晚年删定为《半塘定稿》2卷，《剩稿》1卷。